Zu den Hauptaufgaben der R/V Navigator XXI gehören:

• Überwachung des Zustands der Ostsee oder anderer Gewässer,
• Wasserproben in verschiedenen Tiefen und in verschiedenen Meeresgebieten,
• Entnahme von Bodenproben vom Boden und von der Oberfläche, Verarbeitung der entnommenen Proben in Labors, Übermittlung der Daten an die Empfänger an der Küste.
• Ausbildung von Studenten in den Bereichen Navigation, Kraftwerksbetrieb, Bordausrüstung und Beteiligung an Forschungsarbeiten.
• hydrographische Vermessungen, Inspektionen des Meeresbodens, Inspektion von Unterwasserinfrastrukturen, Aufspüren von Unterwassertrümmern und anderen Objekten, detaillierte Erhebungen von im Bau befindlichen Unterwasserstrukturen und des Stands der Baggerarbeiten, Kartierung der Meeresbodenumgebung.
• Das Schiff ist nach den PRS-Vorschriften für die Zone I geeignet, d.h. für die Schifffahrt in der Nordsee und anderen offenen Meeren innerhalb von 200 Seemeilen um einen Notliegeplatz, mit einer zulässigen Entfernung zwischen zwei Notliegeplätzen von bis zu 400 Seemeilen, sowie für die Schifffahrt in der Ostsee und anderen geschlossenen Meeren.