De huvudsakliga uppgifterna för R/V Navigator XXI är följande

• övervaka Östersjöns eller andra vattenförekomsters status,
• vattenprovtagning på olika djup och i olika havsområden,
• insamling av jordprover från botten och djupytor, bearbetning av insamlade prover i laboratorier, överföring av data till mottagare i strandlinjen.
• Utbildning av studenter i navigering, drift av kraftverk, utrustning ombord och samverkan i forskningsarbete.
• Hydrografiska undersökningar, havsbotteninspektioner Inspektion av undervattensinfrastruktur, upptäckt av undervattensskräp och andra föremål, detaljerade undersökningar av undervattensstrukturer under konstruktion och muddringsstatus, kartläggning av havsbottenmiljön.
• Fartyget är lämpligt för zon I enligt PRS-reglerna, dvs. navigering i Nordsjön och andra öppna hav inom 200 nautiska mil från en skyddad plats, med ett tillåtet avstånd mellan två skyddade platser på upp till 400 nautiska mil, samt navigering i Östersjön och andra slutna hav.