Hovedopgaverne for R/V Navigator XXI omfatter:

• overvågning af Østersøens eller andre vandområders tilstand,
• vandprøvetagning på forskellige dybder og i forskellige havområder,
• indsamling af jordprøver fra bunden og dybdeoverflader, behandling af indsamlede prøver i laboratorier, overførsel af data til modtagere i kystlinjen.
• træning af studerende i navigation, drift af kraftværker, udstyr om bord og interaktion i forskningsarbejde.
• hydrografiske undersøgelser, havbundsinspektioner, inspektion af undervandsinfrastruktur, detektion af undervandsaffald og andre objekter, detaljerede undersøgelser af undervandsstrukturer under konstruktion og opmudringsstatus, kortlægning af havbundsmiljøet.
• Skibet er egnet til zone I i henhold til PRS-reglerne, dvs. sejlads i Nordsøen og andre åbne farvande inden for 200 sømil fra et nødområde, med en tilladt afstand mellem to nødområder på op til 400 sømil, samt sejlads i Østersøen og andre lukkede farvande.