Do głównych zadań R/V Nawigator XXI należą:

• monitorowanie stanu wód Morza Bałtyckiego bądź innych akwenów morskich,
• pobieranie próbek wody na różnych głębokościach i w różnych rejonach morskich,
• pobieranie próbek gruntu z powierzchni dna oraz wgłębnych, obróbka pobranych próbek w laboratoriach, przekazywanie danych do odbiorców nabrzeżnych.
• szkolenie studentów w zakresie nawigacji, obsługi siłowni, urządzeń pokładowych i współdziałanie w pracach badawczych.
• badania hydrograficzne, inspekcje dna morskiego inspekcja infrastruktury podwodnej, wykrywanie podwodnych rumowisk i innych obiektów, szczegółowe badania podwodnych konstrukcji w budowie oraz stanu prac pogłębiarskich, sporządzanie map środowiska dna morskiego.
• Statek jest przystosowany do I-ego rejonu żeglugi wg przepisów PRS, t.j. do żeglugi po Morzu Północnym i innych morzach otwartych w odległości 200 mil morskich od miejsca schronienia, z dopuszczalną odległością miedzy dwoma miejscami schronienia do 400 mil morskich oraz żegluga po Morzu Bałtyckim i innych morzach zamkniętych.